El origen de Akatsuki se debe a Madara Uchiha. Aunque su líder práctico es Pein, se sabe que Tobi en realidad le da órdenes a él. Se desconoce el momento en que se creó, ni sus integrantes originales, los cuales han ido cambiando conforme desertaban o eran eliminados durante sus misiones.
Desde la primera aparición de los miembros de Akatsuki en la historia, Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki a su llegada a Konoha, se sabe que tienen interés por el Kyūbi que alberga Naruto. Más tarde se revela que esta bestia es la más poderosa de un grupo de criaturas legendarias, los nueve Bijū, en los cuales el número de colas determina su fuerza. Se conoce entonces que la intención más inmediata de la organización es capturar a todos estos.
Pein desvela que aunque la organización está en esos momentos recopilando a todos los Bijū y amasando una gran fortuna, esto es sólo una primera fase de su plan. Su objetivo está en otra parte: la segunda fase es la creación de un ejército de mercenarios ninja que no dependerá de ningún país, con el cual podrán afianzarse como líderes en el mercado de misiones: usando a los Bijū, pueden crear guerras a su medida, en las que sólo ellos tendrán el poder suficiente para intervenir. De esta forma pretenden imponer su dominio a todos los países y Aldeas Ocultas ninja. Una vez conseguido, el siguiente y último paso es la conquista del mundo.
Una vez completada la extracción del Shukaku de Gaara, y tras la extracción de Nibi, y el sellado de Sanbi, sólo quedan tres bestias por capturar, siendo una de ellas el Kyūbi. Itachi y Kisame capturan al Bijū de cuatro colas y mencionan que su próximo objetivo es el de ocho colas, siendo el Kyūbi el último en su lista de objetivos.
Los miembros de la organización se mueven en parejas, de tal forma que las habilidades de cada uno puedan suplir las carencias del otro, para cubrirse a la perfección en una batalla.
Todos ellos muestran una cierta lealtad hacia la causa común de Akatsuki, pero estos equipos no siempre cuentan con gran compenetración dentro de ellos. Hidan y Kakuzu están constantemente discutiendo por las dispares costumbres que tienen. Tobi y Deidara también tienen a menudo disputas, generalmente provocadas por el carácter del primero. Los miembros muestran también lealtad hacia Pein, salvo en el caso de Hidan, que llega incluso a insultarle, aunque esto no trae consecuencias para él. Al margen de eso, no existe verdadera camaradería: tras la muerte de Sasori, lo único que les inquieta de ello es que hubiera alguien lo suficientemente fuerte como para acabar con él, no el hecho de su muerte. También Kisame al enterarse de las muertes de Hidan y Kakuzu se lo toma a risa, diciendo que la pareja de zombies esta muerta y comentando que le hubiese gustado ver como murieron, al igual que con Deidara al que simplemente le atribuye la cualidad de "bastante fuerte" o la supuesta de Tobi, en la que le creía un debilucho sólo capaz de alegrar la organización.
- Pein y Konan
- Itachi y Kisame
- Sasori y Deidara
- Zetsu y Tobi
- Hidan y Kakuzu
